報告題目：Showcasing Py-ChemShell v21—Introducing the Brand New Biomolecular Simulation Workflow
報告人：呂游 博士（Daresbury Laboratory高級計算科學(xué)家）
報告時間：2022年1月5日(周三) 19:00-21:00
報告地點：東三樓321會議室
報告摘要：
ChemShell是一個高度可腳本化的計算化學(xué)程序。除了支持各種類型的計算以外，ChemShell的主要優(yōu)勢在于作為多個軟件之間的接口能很好地處理量子力學(xué)/分子力學(xué)（QM/MM）組合計算。Py-ChemShell是基于當(dāng)今最流行的編程語言Python對原始基于Tcl語言的Chemshell進行重新開發(fā)。就在兩周前，Py-ChemShell發(fā)布最新版V21。該版本中最突出的特點在于擁有全新的生物大分子模擬工作流程，可自動執(zhí)行用于QM/MM計算的反應(yīng)模型構(gòu)建。它顯著降低了使用QM/MM方法進行理論化學(xué)計算的門檻。在本講座中，Py-ChemShel項目的首席開發(fā)人員呂游博士將通過代碼來演示運行該軟件的基本流程。
報告人簡介：
呂游，2005年畢業(yè)于北京大學(xué)，并獲得學(xué)士學(xué)位；2005年-2011年于德國馬克斯-普朗克煤炭研究所攻讀博士學(xué)位，主要進行半經(jīng)驗方法的發(fā)展和激發(fā)態(tài)模擬的相關(guān)研究。博士后期間繼續(xù)從事溶劑化的有機體系激發(fā)態(tài)動力學(xué)研究工作以及Tcl-Chemshell的改進和優(yōu)化。2012年-2014年，在荷蘭 Amsterdam Density Functional company (SCM公司) 進行科學(xué)研究工作，開展了對基于密度泛函的緊束縛模型(DFTB)以及色散校正的相關(guān)研究。2014年至今，作為資深計算科學(xué)家全職加入英國UKRI STFC Daresbury Laboratory工作，先后主持Py-Chemshell程序的全棧設(shè)計和開發(fā)，并致力于將其用于材料科學(xué)計算和生物大分子體系模擬的研究。
